La poda de formación normalmente se efectúa cuando se adquiere un nuevo ejemplar. Se trata de una poda para moldear un árbol por lo que solo se suele efectuar una vez en la vida.

Es recomendable efectuarla a principios de primavera y se pondrá pasta selladora en cada corte.Antes de efectuar ningún trabajo, es recomendable hacer un boceto sobre papel y reflejar en él lo que pretendemos hacer y adonde intentamos llegar en el futuro.El proceso de selección de ramas, debe basarse en el estilo de árbol que queremos hacer.En primer lugar debemos observar el árbol con detenimiento, una vez decidido el estilo al que se adapta el Bonsai se elige el frente. A continuación debemos dividir el tronco del árbol en tres tercios, el primero comienza en la base de raíces y el último termina en el ápice.Por lo general el primer tercio se deja libre de ramas. En el segundo tercio del tronco se sitúa la rama principal que suele ser la que más destaca, esta debe crecer lateralmente. Se podan todas las que queden por debajo de esta, las superiores se dejan de forma alterna a lo largo del tronco, una a la derecha, otra a la izquierda, atrás, etc. evitando que ninguna crezca hacia el frente hasta que llegar al tercer tercio, una vez allí las dejaremos crecer en todas las direcciones incluido el frente.

Sirve para corregir el crecimiento de los árboles. Por lo general todas las ramas y brotes deben recibir luz. Eliminaremos todas las ramas que crezcan directamente hacia arriba o hacia abajo, las que se crucen con otras o las que crezcan hacia el interior. Evitando así que los brotes nuevos se ahoguen a causa de la falta de aire y luz. Aplicando esta regla conseguiremos una silueta triangular, con una base más amplia que la copa.Se puede formar un Bonsai solo con las técnicas de poda, aunque los resultados más naturales se consiguen combinando esta técnica con la del alambrado.

La poda produce ángulos demasiado agudos en el tronco y ramas, mientras que el alambrado los produce suaves. Se puede realizar este trabajo, en el invierno y durante la estación de crecimiento.Si se realiza en invierno, se llama poda de aclareo. Se actúa sobre brotes y ramas ya lignificadas. El objetivo de esta poda es el de ordenar el crecimiento de las ramas para la próxima estación vegetativa.Si la realizamos durante la época vegetativa se denomina pinzado y actuaremos sobre los brotes verdes o semi-duros de ese mismo año. La poda de dejar crecer y cortar es muy útil combinada con la utilización de ramas guía. Mediante el uso de ramas guía conseguiremos que ramas y tronco engorden rápidamente.